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Bioinformática es el uso de las matemáticas y de las técnicas informáticas para resolver problemas biológicos, normalmente creando o usando programas informáticos, modelos matemáticos o ambos. Una de las principales aplicaciones de la bioinformática es la minería de datos (data mining) y el análisis de los datos obtenidos en los proyectos genoma (Proyecto Genoma Humano). Otras aplicaciones son el alineamiento de secuencias, la predicción de estructuras proteicas y las redes metabólicas.

[escribe] Bases de datos

Existen bases de datos primarias, que contienen información directa de la secuencia, estructura o patrón de expresión de ADN o proteína, y secundarias, que contienen datos derivados del análisis de las bases de datos primarias, como mutaciones, relaciones evolutivas, agrupación por familias o funciones, implicación en enfermedades, etc.

[escribe] De nucleótidos

La colaboración de las tres bases de datos más importantes hace posible acceder a casi toda la información de secuencias de ADN desde cualquiera de sus tres sedes:

• EMBL-BANK en el Instituto europeo de Bioinformática (EBI)
  • Enlace externo: EMBL-BANK
• DNA Data Bank of Japan (DDBJ) en el Centro de Información Biológica (CIB)
  • Enlace externo: DDBJ
• GenBank en el Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI)
  • Enlace externo: GenBank Entrez Nucleotide

[escribe] De proteínas

Bases de datos de secuencias de aminoácidos.

• Swissprot contiene secuencias anotadas o comentadas, es decir, cada secuencia ha sido revisada, documentada y enlazada a otras bases de datos.
  • Enlace externo: Swissprot en el EBI, Swissprot en Expasy
• TrEMBL por Translation of EMBL Nucleotide Sequence Database incluye la traducción de todas las secuencias codificantes derivadas del (EMBL-BANK) y que todavía no han podido ser anotadas en Swissprot.
  • Enlace externo: TrEMBL
• PIR por Protein Information Resource está dividida en cuatro sub-bases que tienen un nivel de anotación decreciente.
  • Enlace externo: PIR
• ENZYME enlaza la clasificación de actividades enyimáticas completa a las secuencias de Swissprot.
  • Enlace externo: ENZYME
• PROSITE contiene información sobre la estructura secundaria de proteínas, familias, dominios, etc.
  • Enlace externo: PROSITE
• INTERPRO integra la información de diversas bases de datos de estructura secundaria como PROSITE, proporcionando enlaces a otras bases de datos e información más extensa.
  • Enlace externo: INTERPRO
• PDB por Protein Data Bank es la base de datos de estructura terciaria 3-D de proteínas que han sido cristalizadas.
  • Enlace externo: PDB

[escribe] De genomas

• Ensembl integra genomas eucariotas grandes, por el momemto contiene genoma humano, ratón, rata, fugu, zebrafish, mosquito, Drosophila, C. elegans, y C. briggsae.
  • Enlace externo: Ensembl
• Genomes server y TIGR son portales con información o enlaces de todos los genomas secuenciados por el momento, desde virus a humanos.
  • Enlace externo: Genome Server
  • Enlace externo: TIGR
• Wormbase es el portal del genoma de gusano C. elegans.
  • Enlace externo: Wormbase
• Flybase es el portal de la mosca del vinagre Drosophila melanogaster.
  • Enlace externo: Flybase

[escribe] Otras

• Taxonomy es el portal de clasificación taxonómica de organismos
  • Enlace externo: Taxonomy Browser
• Pubmed da acceso gratuito al índice de publicaciones de la Biblioteca Nacional de Medicina (NLM), con enlaces a artículos completos.
  • Enlace externo: PubMed
• OMIM por Online Mendelian Inheritance in Man es un catálogo de genes humanos relacionados con informaciones genéticas.
  • Enlace externo: OMIM

[escribe] Referencias

Otras fuentes de información

• Proyectos de Software
  • Bioperl
  • Bioruby
  • Biopython
  • Biojava
  • Bioinformatics.org, un portal y repositorio de programas de bioinformática de código abierto.
• Organizaciones
  • Instituto Europeo de Bioinformática
  • National Center for Biotechnology Information
  • Fundación Bioinformática Abierta, organización sin ánimo de lucro que colabora con proyectos de bioinformática.
• Directorios
  • Bioinformatics.net, directorio de programas de bioinformática.
  • Bioinformática.
• Otros
  • Proyecto Genoma Humano y Bioinformática

Notas